۶ نتیجه برای خادمی
هادی کریم بیگی، فرهاد نظریان فیروزآبادی، میترا خادمی، الهام موسوی،
دوره ۳، شماره ۱ - ( ۶-۱۳۹۵ )
چکیده
کلزا ).L napus Brassica ،)گیاهی روغنی و زراعی متعلق به خانوادهی شببو است. این خانواده دارای حدوداً ۳۵۰ جنس و بیش از ۳۰۰۰ گونه است. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی ۲۱ رقم کلزا با استفاده از نشانگرهای مولکولی، از ۱۱جفت آغازگر اختصاصی ریزماهوارهی SSR استفاده شد. آغازگرها در مجموع ۷۶ باند واضح تولید نمودند که ۴۶ باند از آنها چند شکل )۵/۶۰ درصد( بودند. میانگین تعداد باندهای تکثیری به ازای هر جفت آغازگر و ژنوتیپ به ترتیب ۹/۶ و ۶/۳ بود. هر جفت آغازگر به طور متوسط ۲/۴ باند چند شکل تولید نمود. در بین آغازگرها، بیشترین تعداد باند تکثیری مربوط به آغازگرهای Na۱۰A۰۹ وCB۱۰۰۳۶B با ۱۰ باند و کمترین تعداد باند مربوط به آغازگر CB۱۰۴۰۳ با ۴ باند بود. تجزیه خوشهای به روش UPGMA و با استفاده از ماتریس تشابه دایس، ژنوتیپهای کلزا را به ۳ گروه اصلی تقسیم نمود. رقم Licord به تنهایی یک گروه را تشکیل داد، درحالی که از لحاظ خصوصیات مرفولوژیکی با بیشتر ژنوتیپها شباهت باالیی داشت. این موضوع احتماالً به دلیل تفاوت در سطح پلوئیدی این ژنوتیپ و یا نامگذاری اشتباه آن میباشد. براساس نتایج حاصل از ماتریس تشابه، بیشترین شباهت )۹۹/۰ )مربوط به ژنوتیپهای Zarfam و Gerinimo و کمترین تشابه )۷۲/۰ )مربوط به ژنوتیپهای ۱۱-KS و Licord بود. نتایج گروهبندی ژنوتیپها نشان داد که ژنوتیپهای ایرانی و خارجی در یک گروه قرار گرفتند. این موضوع احتماالً قرابت و خویشاوندی نزدیک ژنوتیپهای ایرانی و خارجی را نشان میدهد. نتایج حاصل از تجزیهی مولکولی (AMOVA (دادهها نشان داد که میزان تنوع درون گروهی )پائیزه- بهاره( بیشتر از تنوع بین گروهی است به طوری که ۹۷ درصد تنوع مربوط به تنوع درون گروهها بود.
میترا خادمی، فرهاد نظریان فیروزآبادی،
دوره ۶، شماره ۱ - ( ۶-۱۳۹۸ )
چکیده
اخیراً، روش‌های جدید بهنژادی مولکولی و مهندسی‌ژنتیک برای غلبه بر محدویت‌های بهنژادی سنتی در ایجاد گیاهان مقاوم به بیماری به‌وجود آمده‌اند. استفاده از پپتید‌های ضدمیکروبی در تولید گیاهان تراریخت مقاوم به طیف گسترده‌ای از بیمارگرهای گیاهی با موفقیت‌های فراوانی همراه بوده است. در میان تعداد زیادی از پپتید‌های ضدمیکروبی، درماسپتین B۱ یک پپتید ضدمیکروبی کاتیونی به‌طول ۳۱ اسید آمینه با خاصیت ضدمیکروبی علیه طیف وسیعی از بیمارگرهای بیماری‌زا میباشد. با هدف افزایش کارایی ضدمیکروبی این پپتید، توالی کد‌کننده‌ی پپتید ضدمیکروبی DrsB۱ یک بار به انتهای N و بار دیگر به انتهای C توالی کد‌کننده‌ی دمین اتصال به کیتین ژن Avr۴ قارچ کلادوسپوریوم فلاوم (Cladosporium fulvum) متصل و سامانه‌های ژنی (CBD-DrsB۱ and DrsB۱-CBD) به کمک روش اگروباکتری به ریزنمونه‌های برگی گیاه توتون منتقل گردیدند. با استفاده از واکنش‌های PCR، RT-PCR و SDS-PAGE به‌ترتیب حضور ترانسژن‌ها و بیان آنها در گیاهان تراریخت توتون تأیید شد. فعالیت ضدمیکروبی پپتید‌های نوترکیب استخراج شده علیه تعدادی از بیمارگرهای گیاهی و انسانی مورد بررسی قرار گرفت. دو پپتید نوترکیب دارای اثرات بازدارندگی معنی‌داری (P ≤ ۰,۰۱) روی رشد و نمو قارچ‌های بیماری‌زا بودند. همچنین نتایج حاصل از آزمایش CFU نشان داد که پپتید‌های نوترکیب تولیدی گیاهان تراریخت، اثر ممانعت‌کننده نسبتا بالای روی این بیمارگرها داشتند. پپتید نوترکیب CBD-DrsB۱ دارای بیشترین اثر ضد‌باکتریایی، در حالی‌که پروتئین نوترکیب DrsB۱-CBD از توانایی ضد‌قارچی بالاتری برخوردار بود. علاوه بر این، بیان پپتید نوترکیب DrsB۱-CBD سبب افزایش مقاومت معنی‌داری علیه قارچ R.solani در مقایسه با قارچ .Pythium sp گردید. جالب توجه آن‌که، قارچ‌هایی با مقدار بیشتری از کیتین در دیواره سلولی نسبت به پپتید‌های نوترکیب آسیب‌پذیر‌تر بودند که این مسئله نشان میدهد پپتید‌های نوترکیب دارای تمایل بیشتری به کیتین دیواره سلولی هستند. به‌دلیل فعالیت ضدمیکروبی بالا و جدید بودن پپتید‌های نوترکیب، می‌توان از این راهکار برای اولین بار، برای تولید ارقام مقاوم تراریخت محصولات زراعی علیه بیمارگرها استفاده نمود.
علی دولتشاه، احمد اسماعیلی، هادی احمدی، کریم خادمی، داریوش گودرزی،
دوره ۷، شماره ۲ - ( ۱۲-۱۳۹۹ )
چکیده
اساس تحقیقات بهنژادی گیاهان بر پایه تنوع ژنتیکی وسیع استوار است و ارزیابی تنوع ژنتیکی یکی از مهمترین گامها در معرفی ارقام جدید است. در این تحقیق تنوع ژنتیکی ۲۵ ژنوتیپ خلر برای صفات مختلف در شهرستان خرم آباد در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار مورد بررسی قرار گرفت. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که بین ژنوتیپ ها از لحاظ اغلب صفات مورد مطالعه اختلاف معنی‌داری وجود دارد. نتایج مقایسه میانگین نشان داد که ژنوتیپ IF۱۳۱۲ با بیشترین عملکرد دانه و ژنوتیپ های IF۱۳۳۲ و IF۴۷۱ با بیشترین عملکرد علوفه خشک و تر، بهترین عملکرد را دارند. نتایج تجزیه به مؤلفه های اصلی نشان داد که سه مؤلفه اول ۶۲,۶۴ درصد از تغییرات کل را توجیه می نمایند. بر اساس نتایج تجزیه خوشه ای، ژنوتیپهای IF۱۳۰۷، IF۱۸۷۲ وIF۴۷۱ که دارای عملکرد دانه و علوفه بیشتری نسبت به سایر ژنوتیپ ها بودند، در یک گروه قرار گرفتند. جهت برآورد همبستگی ژنتیکی و وراثت پذیری صفات مختلف در ژنوتیپ های خلر از روش REML استفاده شد. بیشترین وراثت پذیری (۰,۸۷) برای صفت تعداد دانه نارس و کمترین وراثت پذیری (۰.۱۰) برای صفت وزن خشک کل برآورد گردید. عملکرد دانه با عملکرد علوفه تر همبستگی ژنتیکی مثبت و بالایی داشت و صفات بیوماس، درصد برگ و عملکرد علوفه خشک نیز همبستگی ژنتیکی مثبت و بالایی با عملکرد علوفه تر نشان دادند. در مجموع، ژنوتیپ IF۱۳۰۷ از نظر بیشتر صفات دارای تظاهر بهتری نسبت به سایر ژنوتیپها بود و از نظر عملکرد علوفه تر بین ژنوتیپها عملکرد قابل قبولی داشت.
میترا خادمی، مرضیه وارسته شمس، فرهاد نظریان فیروزآبادی،
دوره ۹، شماره ۱ - ( ۶-۱۴۰۱ )
چکیده
ریشه های مویین و نابهجا برای بیان پروتئین های نوترکیب کارآمد هستند. در مطالعه حاضر به بررسی مقایسه میزان پروتئین نوترکیب DrsB۱-CBDAvr۴ در ریشه های مویین و نابهجا پرداخته شد. برای این منظور ابتدا، تأثیر عوامل مختلف بر بهینه سازی شرایط کشت برای تولید ریشه هایی نابهجا و مویین در سه آزمایش جداگانه با ارزیابی تولید زیست توده در گیاه تراریخت DrsB۱-CBDAvr۴ مورد بررسی قرار گرفت. صحت تولید ریشه های القاء شده توسط اگروباکتریوم رایزوژنز و با آغازگرهای اختصاصی ژن rolC تأیید شد. همچنین با استفاده از PCR، ورود ژنهای پپتید نوترکیب درماسپتین B۱ در ژنوم کلون های ریشه های مویین و نابهجا اثبات شد. سطح پروتئین نوترکیب با استفاده از آنالیز ELISA عصاره های کلون ریشه‌های موئین و نابهجا اندازه گیری شد. تجزیه واریانس داده های حاصل از تولید و القا ریشه نابهجا نشان داد که بیشترین تعداد و بلندترین طول ریشه در محیط های MS حاوی ۱ میلیگرم بر لیتر NAA و ۰,۵ میلیگرم بر لیتر IBA بهدست آمد. نتایج حاصل از زیست توده ریشه نابهجا نشان داد که محیط MS مایع حاوی ۱ میلیگرم بر لیتر از هورمون NAA روی میزان تولید زیست توده اثرات معنی داری (P ≤ ۰,۰۱) دارند. بیشترین زیست توده در محیط کشت MS حاوی میزان ۱ میلیگرم بر لیتر هورمون NAA بهدست آمد و کمترین وزن تر و خشک در محیط MS ۱/۴بدون هورمون NAA بهدست آمد. همچنین نتایج این مطالعه نشان داد که سویه ATCC۱۵۸۳۴، در محیط MS همراه با ساکارز ۳ درصد با مدت‌زمان تلقیح ۱۰ دقیقه بهترین ترکیب تیماری جهت تحریک ریشه مویین در گیاه تراریخت بود. نتایج ELISA نشان داد که کلون های به دست آمده از هر دو ریشه تفاوت معنی داری از نظر میزان غلظت پروتئین کل نشان دادند. میزان پروتئین نوترکیب حاصل از کلون های ریشه مویین به‌مراتب بیشتر از پروتئین ریشه نابهجا بود.
زهرا زرین دست، فرهاد نظریان فیروزآباد، میترا خادمی،
دوره ۱۰، شماره ۱ - ( ۶-۱۴۰۲ )
چکیده
بیان پپتید‌های ضدمیکروبی در گیاهان رویکرد جدیدی برای حفاظت از گیاهان در برابر بیمارگرها و تولید دارو‌های ضدمیکروبی در صنایع داروسازی است. پپتید کاتیونی alfAFP یک دیفنسین گیاهی با فعالیت ضدمیکروبی است که توسط بذرهای گیاه یونجه تولید می‌شود. به‌منظور افزایش کارایی و تسهیل دسترسی پپتید alfAFP به دیواره سلولی بیمارگرها، توالی رمزکننده alfAFP به پایانه C دمین متصل‌شونده به کیتین (CBD) آنزیم کیتیناز برنج متصل شد. ابتدا خواص ضدمیکروبی این پپتید نوترکیب با استفاده از ابزار‌های بیوانفورماتیک مورد بررسی قرار گرفت. در نهایت، سامانه ژنی پس از انتقال به پلاسمید بیانی pGSA۱۲۸۵ وارد اگروباکتریوم رایزوژنز (Rhizobium rhizogenes) و از آن برای تولید ریشه‌های موئین در توتون استفاده گردید. حضور تراژن، رونویسی و بیان آن در کلون‌های ریشه موئین گیاه توتون، به‌ترتیب با استفاده از روش‌های PCR و RT-PCR نیمه‌کمی تأیید شد. نتایج حاصل از پیش‌بینی ساختار سه‌بعدی پپتید، یک صفحه β و یک مارپیچ α را نشان داد که با ساختار دیفنسین‌های گیاهی مطابقت داشت. همچنین در این مطالعه، دمین عملکردی Knottin در ساختار پپتید نوترکیب شناسایی شد که نشان میدهد پپتید نوترکیب فعالیت ضدمیکروبی خود را حفظ میکند. نتایج خاصیت ضدمیکروبی حاصل از آزمایش CFU نشان داد که پپتید نوترکیب دارای اثرات بازدارندگی معنی‌داری در جلوگیری از رشد بیمارگر باکتریایی Pseudomonas syringae بود. بنابراین، دمین متصل‌شونده به کیتین دسترسی پپتید نوترکیب را به دیواره سلولی بیمارگر باکتریایی از طریق اتصال به پپتیدوگلیکان فراهم کرده و احتمالاً پپتید نوترکیب توانسته است غشاء پلاسمایی را با کارایی بهتری هدف قرار دهد. معرفی و بیان پپتید نوترکیب CBD-alfAFP در ریشه‌های موئین و گیاهان زراعی مهم می‌تواند ابزاری امیدبخش برای ایجاد گیاهان مقاوم به بیمارگرهای گیاهی و تولید عوامل ضدمیکروبی در صنعت داروسازی باشد.
فاطمه حاتمی، فرهاد نظریان فیروزآبادی، سید سجاد سهرابی، میترا خادمی،
دوره ۱۱، شماره ۱ - ( ۶-۱۴۰۳ )
چکیده
زعفران (.L Crocus sativus) نه‌تنها یکی از ارزشمندترین محصولات کشاورزی ایران و جهان به‌‌شمار می‌آید، بلکه جایگاه ویژه‌ای در بین محصولات صادراتی و صنعتی ایران دارد. تکثیر این گیاه از طریق بنه صورت می‌گیرد از این‌رو، جلوگیری از آلودگی بنه‌های زعفران با بیمارگرها، چالشی مهم برای حفظ کیفیت و عملکرد محصول زعفران است. بنابراین، بررسی سازوکار‌های ژنتیکی مربوط به واکنش گیاه زعفران به بیمارگرهای قارچی از جمله عامل پوسیدگی فوزاریومی بنه زعفران (Fusarium oxysporum)، بسیار حائز اهمیت است. با توجه به اینکه گیاهان برای دفاع از خود طیف وسیعی از ژنهای مقاومت را بیان می‌کنند و در این بین، نقش ژنهای مربوط به مسیر PTI (PTI :Pattern-Triggered Immunity) همانند ژنهای خانواده LysM-RLK در مقاومت به بیمارگرها بسیار مهم است؛ از این‌رو در این مطالعه ترنسکریپتوم بنه‌های زعفران آلوده به بیمارگر Fusarium oxysporum به منظور شناسایی و بررسی ژنهای متعلق به خانواده‌های ژنی RLP و RLK، مورد مطالعه قرار گرفت. در مجموع، ۴۵ ژن کدکننده گیرنده‌های (Receptors) مسیر PTI در ترنسکریپتوم زعفران شناسایی شدند که از این تعداد ۴۰ توالی متعلق به خانواده RLP (Receptor-like proteins) و ۵ توالی متعلق به خانواده RLK (Receptor-like kinases) بودند. بررسی بیان اعضای این خانواده‌های ژنی نشان داد که بیشترین بیان به‌ترتیب مربوط به توالی‌های Contig-۴۱۵۸۳ (RLP) و Contig-۶۱۸۷۹ (RLK) در بافت‌های کلاله و پیاز زعفران بود. همچنین افزایش بیان معنی‌داری این ژن‌ها در نمونه‌های آلوده نسبت به نمونه شاهد مشخص شد. علاوه بر این، نتایج سنجش بیان ژنهای انتخاب شده (Contig-۴۱۵۸۳ و Contig-۶۱۸۷۹) با استفاده از روش qRT-PCR نشان داد که ژنهای مورد بررسی در تیمار ۷۲ ساعت پس از آلودگی نسبت به تیمار ۴۸ ساعت بیان بالاتری داشته‌اند. یافته‌های این مطالعه نشان میدهد که پروتئین‌های RLK به دلیل وجود موتیف LysM عملکردی حیاتی در تعامل بین زعفران و بیمارگر دارد. اتصال موتیف LysM به پپتیدوگلیکان‌های باکتریایی یا کیتین‌های دیواره برخی قارچ‌ها و اوومیست‌ها سبب تحریک پاسخ‌های ایمنی گیاه می‌شود. بهطور کلی، یافته‌های این مطالعه در درک ماهیت اختصاصی روابط بین بیمارگر و گیاه حائز اهمیت بوده و می‌تواند در شناخت مسیر ایمنی PTI مفید باشد.
