تعیین رابطه بین ژنوتیپ و فنوتیب یکی از اهداف اصلی پروژه‌های به‌نژادی است. امروزه نشانگرهای مولکولی ابزارهای قدرتمندی برای ارزیابی این ارتباط در اختیار به‌نژادگران قرار می‌دهند. در این بررسی تنوع ژنتیکی ۱۱۲ لاین برنج با استفاده از ۲۰ جفت نشانگر ریزماهواره پیوسته با آلل‌های تحمل به خشکی مورد بررسی قرار گرفت که درمجموع ۷۷ آلل چند شکل با میانگین ۳,۸۵ آلل به ازای هر جفت آغازگر تکثیر شد. کم‌ترین تعداد آلل مربوط به نشانگرهای RM۲۸۱۹۹ و RM۲۱۲ با ۲ آلل و بیشترین آن مربوط به نشانگر RM۷۲ با ۶ آلل بود. میزان اطلاعات چندشکلی برای نشانگرهای مورد بررسی بین ۰,۳۰ تا ۰,۷۲ با میانگین ۰,۵۸ بود که بیشترین مقدار مربوط به نشانگر RM۸۵ و RM۲۰A و کم‌ترین آن مربوط به نشانگر RM۲۸۰۹۹ بود. از نظر تنوع ژنی، نشانگرهای RM۲۸۰۹۹ و RM۸۵ به ترتیب کم‌ترین (۰,۳۳) و بیشترین (۰,۷۶) تنوع را داشتند. نتایج تجزیه رگرسیون گام‌به‌گام داده‌های ریزماهواره و صفات مورفولوژیک در شرایط غرقاب ۶۲ آلل و در شرایط تنش خشکی ۵۴ آلل آگاهی‌بخش را برای صفات ارزیابی‌شده، شناسایی نمود. تجزیه خوشه‌ای بر اساس داده‌های مولکولی ژنوتیپ‌ها را به ۷ گروه تقسیم نمود. با توجه به توزیع مناسب DNA تکثیرشده توسط نشانگرهای مورد بررسی در این تحقیق، از نشانگرهایی که قدرت تفکیک و پیوستگی بالایی با صفات مهم زراعی در شرایط تنش خشکی دارند (و درصورتی‌که در آزمایش‌های بعدی به تأیید برسند)، می‌توان در برنامه‌های به‌نژادی تنش خشکی استفاده نمود.
