TY - JOUR JF - lu-pgr JO - pgr VL - 9 IS - 2 PY - 2023 Y1 - 2023/3/01 TI - Phylogenetic Analysis of Some Luffa Genotypes Based on the sequence of intergenic region of trnH-psbA TT - تحلیل و بررسی فیلوژنتیکی برخی ژنوتیپ‌های گیاه لوفا (Luffa cylindrica) بر اساس توالی ناحیه بین‌ژنی trnH-psbA N2 - لوفا با نام علمی Luffa cylindrica گیاهی از خانواده کدوییان است که بیشتر در مناطق گرمسیری و نیمه‌گرمسیری جهان از جمله در اکثر مناطق ایران رشد می­کند. در ‌این تحقیق تنوع ژنتیکی 9 ژنوتیپ بومی و غیر­بومیL. cylindrica از طریق ارزیابی ناحیه بین‌ژنی trnH-psbA (IGS) کلروپلاستی مورد بررسی قرار گرفت. پس از نمونه‌برداری از برگ‌های جوان، استخراج DNA به‌روش دلاپورتا و PCR با استفاده از آغازگرهای ناحیه بین‌ژنیIGS انجام شد. محصولات تکثیر شده پس از تعیین توالی، با استفاده از نرم‌افزار Chromas تعیین کیفیت شده و سپس با برنامه ClustalW توسط نرم‌افزارهای BioEdit وMEGA7 هم‌ردیف‌سازی شدند. در ادامه نمودار درختی روابط فیلوژنی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی­ها تعیین و ترسیم شدند. در تحقیق حاضر با بررسی قرابت‌ها با استفاده از نشانگر trnH-psbA (IGS) در میان نمونه‌های مورد مطالعه، تنوع شدید درون‌گونه‌ای در L. cylindrica بومی و ‌غیربومی مشاهده شد. ماتریس فاصله ژنتیکی بین نمونه‌های بررسی شده در ‌این تحقیق از صفر تا 865/6 با میانگین کلی فاصله 53/2 بود. مقدار متوسط جایگزینی‌های مترادف و غیرمترادف (dN/dS) برای توالی IGS 68/0ds/dn = بود که نشان‌ دهنده گزینش‌های مثبت و خالص در روند انتخاب طبیعی ژنوتیپ‌های مورد مطالعه می‌باشد. تاکنون هیچ مطالعه‌ای در خصوص بررسی مولکولی و شناسایی ژنوتیپ‌های بومی مختلف گیاه لوفا در ایران و مطالعات فیلوژنتیکی این ژنوتیپ‌ها صورت نگرفته است. در این تحقیق از نشانگر trnH-psbA (IGS) استفاده شد تا تنوع موجود در برخی از ژنوتیپ‌های لوفای بومی و غیربومی بررسی و فاصله ژنتیکی آن‌ها تعیین شود. نتایج ‌این تحقیق نشان داد که بر اساس درخت فیلوژنی و بررسی فواصل ژنتیکی با کمک نشانگر trnH-psbA تنوع درون‌گونه‌ای ‌این گونه گیاهی به‌خوبی قابل ارزیابی می‌باشد. SP - 83 EP - 94 AU - Arbabi, Halime AU - Keykhasaber, Mojtaba AU - Fahmideh, Leila AU - Ghasemi Omran, Valiollah AD - Department of Plant Pathology, University of Zabol, Zabol, Iran KW - Intraspecies genetic diversity KW - Chloroplast marker KW - DNA barcoding UR - http://pgr.lu.ac.ir/article-1-256-fa.html DO - 10.22034/pgr.9.2.7 ER -