Plant Genetic Researches
پژوهش های ژنتیک گیاهی
pgr
Agriculture
http://pgr.lu.ac.ir
1
admin
2383-1367
2676-7309
10.22034/pgr
14
1206
fa
jalali
1401
6
1
gregorian
2022
9
1
9
1
online
1
fulltext
fa
مطالعه ارتباطی در سطح ژنوم صفات گیاهچهای در ارقام گندم نان تحت شرایط نرمال و تنش شوری
Genome-Wide Association Study of Seedling Characteristics in Bread Wheat Cultivars Under Normal and Salt Stress Conditions
ژنتیک مولکولی
Molecular genetics
پژوهشي
Research
<div style="text-align: justify;"><span style="font-family:IRANyekan;"><span style="font-size:11pt"><span style="line-height:normal"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">بهمنظور شناسایی مکان ­های ژنی کنترلکننده صفات مورفو-فیزیولوژیک گیاهچه در 88 رقم گندم نان، آزمایشی در شرایط نرمال و تنش شوری 120 میلی ­مولار (معادل 12 دسی ­زیمنس بر متر)، در قالب طرح آلفا لاتیس ساده در گلخانه دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه در سال زراعی 1400-1399 انجام شد. صفات میزان کلروفیل </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">a</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">، </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">b</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> و کل، کا روتنوئید، پرولین، وزن تر و خشک گیاهچه، طول گیاهچه، محتوای نسبی آب برگ (</span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">RWC</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">) و غلظت یونها (سدیم، پتاسیم و نسبت پتاسیم به سدیم) اندازهگیری شدند. </span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">پس از ژنوتیپسنجی بهوسیله توالییابی با فنّاوری</span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> Ion Torrent </span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">و حذف </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">SNP</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">هایی با بیش از 20 درصد داده گمشده و فراوانی آلل جزئی کمتر از 5 درصد، تعداد 5869 </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">SNP</span></span><span style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> شناسایی شد. بر اساس نقشه ­یابی ارتباطی با روش مدل خطی مخلوط (</span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">MLM</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">) برای شرایط نرمال در مجموع 25 ارتباط نشانگر-صفت (</span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">MTA</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">) شناسایی شد. </span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">ژنوم </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">A</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> بیشترین و ژنوم </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">D</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> کمترین تعداد </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">MTA</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> را به خود اختصاص دادند. در بین صفات مورد بررسی در شرایط نرمال، کلروفیل </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">a</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> بیشترین تعداد </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">MTA</span></span><span style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> را روی کروموزوم­ های </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">1A</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">، </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">3B</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">، </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">3D</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">، </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">5B</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> و </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">7A</span></span><span style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> نشان داد</span></span> <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">و برای شرایط تنش </span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">شوری</span></span> <span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">21 </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">MTA</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> شناسایی شد که ژنوم </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">B</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> بیشترین تعداد </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">MTA</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> و ژنوم </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">D</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> کمترین تعداد </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">MTA</span></span><span style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> را به خود اختصاص دادند. برای وزن تر گیاهچه پنج </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">MTA</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> شناسایی شد که روی کروموزوم ­های </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">4A</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> و </span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="color:#0d0d0d">6B</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d"> قرار داشتند. </span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="color:#0d0d0d">نتایج پژوهش حاضر، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با مکان­ های ژنی مرتبط با صفات مورد مطالعه ارائه می­دهد که می­ توان پس از تأیید در جمعیت­ های دو والدی و آزمایشهای تکمیلی، در برنامه­ های به­نژادی گندم در گزینش به کمک نشانگر از این یافتهها استفاده نمود.</span></span></span></span></span></span></span></div>
<div style="text-align: justify;"><span style="font-family:IRANyekan;"><span style="font-size:11pt"><span style="line-height:normal"><span style="unicode-bidi:embed"><span style="color:#0d0d0d">In order to identify loci controlling seedling morpho-physiologic characteristics in 88 bread wheat cultivars, a greenhouse experiment based on simple alpha lattice was conducted under both normal and 120 mM (</span><span lang="EN"><span style="color:#0d0d0d">12 ds/m</span></span><span style="color:#0d0d0d">) salt stress condition of the Faculty of Agriculture, Urmia University in 2020-2021 cropping season. Chlorophyll a, b and carotenoid content, proline, plant fresh and dry weight, plant height and leaf relative water content (RWC), Na<sup>+</sup>, K<sup>+</sup> and K<sup>+</sup>/Na<sup>+</sup> concentrations were measured.</span> <span style="color:#0d0d0d">After genotyping by sequencing with Ion Torrent technology and removal of SNPs with more than 20% of missing data and minor allele frequency less than 5%, a total of 5869 SNP markers were identified. Based on association mapping with the mixed linear model (MLM) method, a total of 25 marker-trait associations were detected under normal conditions. The A and D genomes had the highest and lowest number of significant marker-trait associations (MTAs). </span><span lang="EN"><span style="color:#0d0d0d">Among the studied traits under normal conditions</span></span><span style="color:#0d0d0d">, chlorophyll a had the highest number of MTAs on 1A, 3B, 3D, 5B, 7A </span><span lang="EN"><span style="color:#0d0d0d">chromosomes </span></span><span style="color:#0d0d0d">with eight MTAs. A total of 21 MTAs were identified under salt stress conditions which the genome B and D had the highest and lowest number of MTAs, respectively. </span><span lang="EN"><span style="color:#0d0d0d">Five MTAs were identified for </span></span><span style="color:#0d0d0d">plant fresh weight</span><span lang="EN"><span style="color:#0d0d0d">, which were located on chromosomes 4A and 6B.</span></span> <span style="color:#0d0d0d">The results of this study provide valuable information about the loci associated with the studied traits, which can be used in marker assisted selection in wheat breeding programs after confirmation in biparental populations and additional experiments.</span></span></span></span></span><br>
</div>
ارقام گندم نان, تنش شوری, نشانگرهای SNP, نقشهیابی ارتباطی
Bread wheat cultivars, GWAS, Salt stress, SNP markers
13
26
http://pgr.lu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-447-1&slc_lang=fa&sid=1
Razieh
Ghorbani
راضیه
قربانی
ghorbanirazieh@gmail.com
10031947532846003554
10031947532846003554
No
Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University, Urmia, Iran
گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه
Raheleh
Ghasemzadeh
راحله
قاسم زاده
r.ghasemzade@urmia.ac.ir
10031947532846003555
10031947532846003555
Yes
Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University, Urmia, Iran
گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه
Hadi
Alipour
هادی
علی پور
ha.alipour@urmia.ac.ir
10031947532846003556
10031947532846003556
No
Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Urmia University, Urmia, Iran
دانشگاه ارومیه