[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 8، شماره 2 - ( 1400 ) ::
جلد 8 شماره 2 صفحات 68-57 برگشت به فهرست نسخه ها
بررسی تنوع ژنتیکی گونه‎ هایی از جنس L. Allium بر اساس نشانگر ISSR در استان کردستان
شهلا حسینی*، محمد رضا رهگذر، هدیه بدخشان
چکیده:   (587 مشاهده)
جنس L. Allium، بهویژه زیر جنس Melanocrommyum شامل بخشهایی است که از لحاظ تاکسونومیکی بسیار پیچیده هستند. موقعیت سیستماتیکی گونههای هرکدام از بخشها، در طول زمان به‌دفعات بازبینیشده است. در مطالعهی حاضر تنوع ژنتیکی بین 32 اکوتیپ متعلق به 10 گونه مختلف از جنس Allium و ارتباط آن‌ها با استفاده از نشانگرهای ISSR مورد بررسی قرار گرفت. نه آغازگر مورد استفاده، 166 نوار چندشکل را با میانگین 18 نوار به ازای هر آغازگر تولید کردند. از بین آغازگرهای مورد استفاده، آغازگر ISSR873، با 27 نوار، بیشترین و آغازگر ISSR4 با 2 نوار کمترین تعداد نوار چندشکل را ایجاد نمودند. شاخص اطلاعات چندشکلی (PIC) نشانگرها بین 0.04 تا 0.43 متغیر بود. تجزیه خوشهای به روش UPGMA و تجزیه به مختصات اصلی، اکوتیپ‌های موردمطالعه را در چهار گروه قرار داد. نتیجه تجزیه خوشهای و تجزیه به مختصات اصلی نشان داد که بیشتر گونههایی که از لحاظ مورفولوژیکی به هم شبیه هستند در گروههای نزدیک به هم قرار گرفتند. بر اساس ضریب تشابه دایس، بیشترین درصد تشابه در بین اکوتیپهای Allium stipitatum و Allium saralicum (72 درصد) از زیر جنس Melanocrommyum و کمترین شباهت در بین اکوتیپهای گونههای Allium tripedale و Allium iranicum (12 درصد) بهدست آمد. اکوتیپهای با کمترین درصد تشابه به زیرجنسهای Allium و Nectaroscordum تعلق دارند که در خوشههای مجزا قرار گرفتند. بر اساس نتایج، اکوتیپهای بخشهای Pseudoprason، Melanocrommyum و Procerallium بیشترین قرابت را نشان دادند. بهطور کلی میتوان نتیجه گرفت که نشانگرهای ISSR برای طبقهبندی گونههای جنس Allium مفید بوده و پتانسیل کافی برای بررسیهای فیلوژنتیک گونهها را دارا هستند. به‌علاوه با توجه به نتایج مبنی‌بر وجود تنوع ژنتیکی قابل‌توجه در بین اکوتیپهای مطالعه شده از گونههای وحشی جنس Allium، از این تنوع میتوان در آینده در فرآیندهای بهنژادی گونههای زراعی بهره جست.
واژه‌های کلیدی: تجزیه خوشه‌ای، تنوع ژنتیکی، Melanocrommyum
متن کامل [PDF 1202 kb]   (101 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک مولکولی
دریافت: 1400/11/3 | پذیرش: 1400/12/22
فهرست منابع
1. Akhavan, A., Saeidi, H., Rahiminejad, M.R., Zarre, S. and Blattner, F.R. (2015). Interspecific relationships in Allium subgenus Melanocrommyum sections Acanthoprason and Asteroprason (Amaryllidaceae) revealed using ISSR markers. Systematic Botany, 40: 706-715. [DOI:10.1600/036364415X689168]
2. Eghlima, G., Kheiry, A., Sanikhani, M., Hadian, J. and Aelaie, M. (2021). study of genetic diversity of glycyrrizha glabra l. populations using ISSR molecular markers. Plant Genetic Researches, 8: 81-94 (In Persian). [DOI:10.52547/pgr.8.1.6]
3. Friesen, N., Fritsch, R.M. and Blattner, F.R. (2006). Phylogeny and new intrageneric classification of Allium (Alliaceae) based on nuclear ribosomal DNA ITS sequences. Aliso: A Journal of Systematic and Evolutionary Botany, 22: 372-395. [DOI:10.5642/aliso.20062201.31]
4. Fritsch, M.R. and Gurushidze, M. (2009). Phylogenetic relationships of ornamental species in Allium L. subg. Melanocrommyum (Webb et Berthel.) Rouy (Alliaceae). Israel Journal of Plant Sciences, 57: 287-295. [DOI:10.1560/IJPS.57.4.287]
5. Fritsch, R. and Abbasi, M. (2013). A Taxonomic Review of Allium subg. Melanocrommyum in Iran. IPK, Gatersleben, DE.
6. Fritsch, R. and Amini Rad, M. (2013). Allium pseudostrictum (Amaryllidaceae), a new record from Iran. Rostaniha, 14: 81-84.
7. Fritsch, R.M. (2012). Illustrated key to the sections and subsections and brief general circumscription of Allium subg. Melanocrommyum. Phyton (Horn), 52: 1-37.
8. Fritsch, R.M. and Maroofi, H. (2010). New species and new records of Allium L. (Alliaceae) from Iran. Phyton (Horn), 50: 1-26.
9. Gorji, A.M., Poczai, P., Polgar, Z. and Taller, J. (2011). Efficiency of arbitrarily amplified dominant markers (SCoT, ISSR and RAPD) for diagnostic fingerprinting in tetraploid potato. American Journal of Potato Research, 88: 226-237. [DOI:10.1007/s12230-011-9187-2]
10. Gurushidze, M. (2009). Phylogenetic relationships and diversification processes in Allium subgenus Melanocrommyum. Ph.D. Thesis, der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, German State of Saxony-Anhalt, Germany.
11. Gurushidze, M., Fritsch, R.M. and Blattner, F.R. (2008). Phylogenetic analysis of Allium subg. Melanocrommyum infers cryptic species and demands a new sectional classification. Molecular Phylogenetics and Evolution, 49: 997-1007. [DOI:10.1016/j.ympev.2008.09.003]
12. Gurushidze, M., Fritsch, R.M. and Blattner, F.R. (2010). Species-level phylogeny of Allium subgenus Melanocrommyum: Incomplete lineage sorting, hybridization and trnF gene duplication. Taxon, 59: 829-840. [DOI:10.1002/tax.593012]
13. Hosseini, S. (2018). Karyological studies of some Allium L.(Amaryllidaceae) species in Iran. The Iranian Journal of Botany, 24: 65-71.
14. Hosseini, S. and Go, R. (2010). Cytogenetic study of some Allium species (subgenus Allium and Melanocrommyum) in Iran. Cytologia, 75: 99-108. [DOI:10.1508/cytologia.75.99]
15. Li, Q.Q., Zhou, S.D., He, X.J., Yu, Y., Zhang, Y C. and Wei, X. Q. (2010). Phylogeny and biogeography of Allium (Amaryllidaceae: Allieae) based on nuclear ribosomal internal transcribed spacer and chloroplast rps16 sequences, focusing on the inclusion of species endemic to China. Annals of Botany, 106: 709-733. [DOI:10.1093/aob/mcq177]
16. Liang, J.X., Qi, J.M., Fang, P.P., Wang, T., Chen, S.H., Zhou, D.X., Tao, A.F., Liang, K.J. and Wu, W.R. (2008). Genetic diversity and genetic relatives analysis of tobacco germplasm based on inter-simple sequence repeat (ISSR). Scientia Agricultura Sinica, 32(3): 373-378.
17. Mantel, N. (1967). The detection of disease clustering and a generalized regression approach. Cancer Research, 27: 209-220.
18. Memariani, F., Joharchi, M.R. and Arjmandi, A.A. (2012). Allium aladaghense (Amaryllidaceae, Allieae), a new species of section Asteroprason from northeast of Iran. Phytotaxa, 56: 28-34. [DOI:10.11646/phytotaxa.56.1.7]
19. Navabpour, S., Yamchi, A. and Golcheshmeh, S. (2021). Assessment of genetic diversity between different accessions of calotropis procera with ISSR molecular markers. Plant Genetic Researches, 8: 17-28 (In Persian). [DOI:10.52547/pgr.8.1.2]
20. Pawell, W., Morganet, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S. and Rafalaski, A. (1996). The comparision of RFLP, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding, 2: 225-238. [DOI:10.1007/BF00564200]
21. Peakall, R. and Smouse, P.E. (2006). GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Molecular Ecology Notes, 6: 288-295. [DOI:10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x]
22. Peakall, R. and Smouse, P.E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update. Bioinformatics, 28: 2537-2539. [DOI:10.1093/bioinformatics/bts460]
23. Petrova, G., Petrova, S., Delcheva, M. and Bancheva, S. (2017). Genetic diversity and conservation of Bulgarian endemic Verbasum tzar-borisii (Scrophulariaceae). Annales Botanici Fennici, 54: 307- 317. [DOI:10.5735/085.054.0614]
24. Razyfard, H., Zarre, S., Fritsch, R.M. and Maroofi, H. (2011). Four new species of Allium (Alliaceae) from Iran. Annales Botanici Fennici, 48: 352-360. [DOI:10.5735/085.048.0407]
25. Ren, N. and Timko, M.P. (2001). AFLP analysis of genetic polymorphism and evolutionary relationships among cultivated and wild Nicotiana species. Genome, 44: 559-571. [DOI:10.1139/g01-060]
26. Rezaei, J., Mehrjerdi, Z.M. and Mastali, H. (2018). ISSR based analysis of genetic diversity in some endangered species of Allium subg. Melanocrommyum. Genetika, 50: 59-68. [DOI:10.2298/GENSR1801059R]
27. Rohlf, F.J. (2000). NTSYS-pc: numerical taxonomy and multivariate analysis system, version 2.1. Exeter Software, New York, USA.
28. Samiei, L., Kiani, M., Zarghami, H., Memariani, F. and Joharchi, M.R. (2015). Genetic diversity and interspecific relationships of some Allium species using inter simple sequence repeat markers. Bangladesh Journal of Plant Taxonomy, 22: 67-75. [DOI:10.3329/bjpt.v22i2.26029]
29. Santhosh, W., Shobha, D. and Melwyn, G. (2009). Assessment of genetic diversity in cashew germplasm using RAPD and ISSR markers. Scientia Horticulturae, 120: 411-417. [DOI:10.1016/j.scienta.2008.11.022]
30. Shannon, C.E. (1948). A mathematical theory of communication. The Bell System Technical Journal, 27: 379-423. [DOI:10.1002/j.1538-7305.1948.tb01338.x]
31. Sharma, V.R., Malik, S., Kumar, M., Sirohi, A. and Nagaraju, K. (2016). Assessment of genetic diversity in garlic (Allium sativum L.) genotypes based on ISSR markers. Plant Archives, 16: 88-95.
32. Sudha, G.S., Ramesh, P., Sekhar, A.C., Krishna, T.S., Bramhachari, P. and Riazunnisa, K. (2019). Genetic diversity analysis of selected Onion (Allium cepa L.) germplasm using specific RAPD and ISSR polymorphism markers. Biocatalysis and Agricultural Biotechnology, 17: 110-118. [DOI:10.1016/j.bcab.2018.11.007]
33. Zietkiewicz, E., Rafalski, A. and Labuda, D. (1994). Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification. Genomics, 20: 176-183. [DOI:10.1006/geno.1994.1151]
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Hosseini S, Rahgozar M R, Badakhshan H. Study of Genetic Diversity of Some Allium L. Species Based on ISSR Markers in Kurdistan Province. pgr. 2022; 8 (2) :57-68
URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-230-fa.html

حسینی شهلا، رهگذر محمد رضا، بدخشان هدیه. بررسی تنوع ژنتیکی گونه‎ هایی از جنس L. Allium بر اساس نشانگر ISSR در استان کردستان. پژوهش های ژنتیک گیاهی. 1400; 8 (2) :68-57

URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-230-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 8، شماره 2 - ( 1400 ) برگشت به فهرست نسخه ها
پژوهش های ژنتیک گیاهی Plant Genetic Researches
Persian site map - English site map - Created in 0.27 seconds with 30 queries by YEKTAWEB 4419