[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات نشریه::
آرشیو مجله و مقالات::
برای نویسندگان::
برای داوران::
ثبت نام و اشتراک::
تماس با ما::
تسهیلات پایگاه::
بایگانی مقالات زیر چاپ::
فهرست داوران همکار::
::
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
ISSN
شاپای آنلاین: ISSN 2676-7309
شاپای چاپی: ISSN 2383-1367
..




 
..
:: دوره 9، شماره 2 - ( 1401 ) ::
جلد 9 شماره 2 صفحات 94-83 برگشت به فهرست نسخه ها
تحلیل و بررسی فیلوژنتیکی برخی ژنوتیپ‌های گیاه لوفا (Luffa cylindrica) بر اساس توالی ناحیه بین‌ژنی trnH-psbA
حلیمه اربابی ، مجتبی کیخاصابر* ، لیلا فهمیده ، ولی الله قاسمی عمران
گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل ، mkeikhasaber@uoz.ac.ir
چکیده:   (2801 مشاهده)
لوفا با نام علمی Luffa cylindrica گیاهی از خانواده کدوییان است که بیشتر در مناطق گرمسیری و نیمه‌گرمسیری جهان از جمله در اکثر مناطق ایران رشد می­کند. در ‌این تحقیق تنوع ژنتیکی 9 ژنوتیپ بومی و غیر­بومیL. cylindrica  از طریق ارزیابی ناحیه بین‌ژنی trnH-psbA (IGS) کلروپلاستی مورد بررسی قرار گرفت. پس از نمونه‌برداری از برگ‌های جوان، استخراج DNA به‌روش دلاپورتا و PCR با استفاده از آغازگرهای ناحیه بین‌ژنیIGS  انجام شد. محصولات تکثیر شده پس از تعیین توالی، با استفاده از نرم‌افزار Chromas تعیین کیفیت شده و سپس با برنامه ClustalW توسط نرم‌افزارهای BioEdit وMEGA7 هم‌ردیف‌سازی شدند. در ادامه نمودار درختی روابط فیلوژنی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی­ها تعیین و ترسیم شدند. در تحقیق حاضر با بررسی قرابت‌ها با استفاده از نشانگر trnH-psbA (IGS) در میان نمونه‌های مورد مطالعه، تنوع شدید درون‌گونه‌ای در L. cylindrica بومی و ‌غیربومی مشاهده شد. ماتریس فاصله ژنتیکی بین نمونه‌های بررسی شده در ‌این تحقیق از صفر تا 865/6 با میانگین کلی فاصله 53/2 بود. مقدار متوسط جایگزینی‌های مترادف و غیرمترادف (dN/dS) برای توالی IGS 68/0ds/dn = بود که نشان‌ دهنده گزینش‌های مثبت و خالص در روند انتخاب طبیعی ژنوتیپ‌های مورد مطالعه می‌باشد. تاکنون هیچ مطالعه‌ای در خصوص بررسی مولکولی و شناسایی ژنوتیپ‌های بومی مختلف گیاه لوفا در ایران و مطالعات فیلوژنتیکی این ژنوتیپ‌ها صورت نگرفته است. در این تحقیق از نشانگر trnH-psbA (IGS) استفاده شد تا تنوع موجود در برخی از ژنوتیپ‌های لوفای بومی و غیربومی بررسی و فاصله ژنتیکی آن‌ها تعیین شود. نتایج ‌این تحقیق نشان داد که بر اساس درخت فیلوژنی و بررسی فواصل ژنتیکی با کمک نشانگر trnH-psbA تنوع درون‌گونه‌ای ‌این گونه گیاهی به‌خوبی قابل ارزیابی می‌باشد.
واژه‌های کلیدی: تنوع ژنتیکی درون‌گونه‌ای، نشانگر کلروپلاستی، DNA بارکدینگ
متن کامل [PDF 650 kb]   (920 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک مولکولی
پذیرش: 1401/10/16
فهرست منابع
1. Advai, M. (2012). Studying the kinship relationships between inverted tulip species (genus Fritillaria L.) in Iran using the synonymy of the chloroplastic trnH-psbA intergenic region and morphological traits. M.Sc. Thesis, Shahrekord University, Shahrekord, Iran (In persian).
2. Akinyinka Akinwumi, K., Olusoji Eleyowo, O. and Omowunmi Oladipo, O. (2022). A review on the ethnobotanical uses, phytochemistry and pharmacological effect of Luffa cylindrinca. Natural Drugs from Plants. doi: 10.5772/intechopen.98405. [DOI:10.5772/intechopen.98405]
3. Asadi, F., Dezhsetan, S., Ghahramanzadeh, R., Razmjou, J., Alebrahim, M.T. (2015). DNA barcoding of some medicinal plants. Journal of Crop Biotechnology, 4(10): 31-40 (In persian).
4. Asghari Mirak, A., Alaviakia, S.S. and Mohammadi, S.A. (2022). Investigating genetic diversity and relationships in some henbane (Hyoscyamus spp.) populations based on polymorphisms resulting from retrotransposon insertion. Plant Genetic Researches, 9(1): 117-134 (In Persian). [DOI:10.52547/pgr.9.1.9]
5. Bolson, M., Smidt, E.C., Brotto, M.L. and Silva-Pereira, V. (2015). ITS and trnH-psbA as efficient DNA barcodes to identify threatened commercial woody angiosperms from Southern Brazilian Atlantic rainforests. PLoS ONE, 10: e0143049. [DOI:10.1371/journal.pone.0143049] [PMID] [PMCID]
6. Chapolagh Paridari, I., Jalali, G., Sonboli, A. and Zarafshar, M. (2012). Revision of Iranian carpinus species using of molecular markers (nrDNA its and trnh-psba). Iranian Journal of Rangelands and Forests Plant Breeding and Genetic Research, 20(1): 1-13 (In Persian).
7. De Vere, N., Rich, T.C., Trinder, S.A. and Long, C. (2015). DNA barcoding for plants. Methods in Molecular Biology, 1245: 101-18. [DOI:10.1007/978-1-4939-1966-6_8] [PMID]
8. Dellaporta, S.L., Wood, J. and Hicks, J.B. (1993). A plant DNA minipreparation: version II. Plant Molecular Biology Reporter, 1: 19-22. [DOI:10.1007/BF02712670]
9. Fattahi Dehkordi, N., Ghaemi Ghehsareh, M., Shiran, B. and Siampoor, M. (2022). Comparison of the Efficacy of Two Chloroplast DNA Marker (psbA-trnH and trnL-F) in Determining the Phylogenetic Relationships among Honeysuckle Species in Iran. Iranian Journal of Horticultural Science and Technology, 23(1): 1-12 (In Persian).
10. Fox, G.E., Pechman, K.R. and Woese, C.R. (1977). Comparative cataloging of 16 S ribosomal ribonucleic acid: molecular approach to procaryotic systematics. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 27(1): 44-57. [DOI:10.1099/00207713-27-1-44]
11. Ghahramanzadeh, R., Marashi, S.H., Van De Wiel, C., Malekzadeh, S., Shahriari, F. and Smulders, R. (2012). Discrimination of the invasive plant species, myriophyllum spp., from native relatives using DNA barcoding. Iranian Plant Protection Research, 26(1): 101-109 (In Persian).
12. Gholipour, A., Kazemitabar, S.K. and Sharifi Soltani, S. (2021). Study of genetic diversity of wild and regenerated accessions of Acorus calamus (Acoraceae) by ISSR markers. Plant Genetic Researches, 7(2): 109-118 (In Persian). [DOI:10.52547/pgr.7.2.9]
13. Haji Ahmadi, Z., Talebi, M. and Seyyed Tabatabai, B.E. (2013). Determining pomegranate phylogeny using psbA-trnH, rbcL, matK and ITS plant barcodes. 12th Congress of Iranian Genetics Society, Tehran, Iran (In Persian).
14. Hajibabaei, M., Janzen, D.H., Burns, J.M., Hallwachs, W. and Hebert, P.D.N. (2006). DNA barcodes distinguish species of tropical Lepidoptera. Proceedings of the National Academy of Sciences, 103: 968-971. [DOI:10.1073/pnas.0510466103] [PMID] [PMCID]
15. Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L. and de Waard, J.R. (2003). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 270: 313-322. [DOI:10.1098/rspb.2002.2218] [PMID] [PMCID]
16. Hosseinzadeh Colagar, A., Akbarzadeh Roshan, F. and Yousefzadeh, H. (2013). Determination of taxonomic status of chestnut in northern Iran using psbA molecular markers and trnH-psbA intergenic region. 8th Biotechnology Conference of the Islamic Republic of Iran and 4th National Conference on Biosafety, Tehran, Iran (In Persian).
17. Kress, W.J. (2017). Plant DNA barcodes: applications today and in the future. Insect Systematics & Evolution, 55: 291-307. [DOI:10.1111/jse.12254]
18. Kress, W.J., Wurdack, K.J., Zimmer, E.A., Weigt, L.A. and Janzen, D.H. (2005). Use of DNA barcodes to identify flowering plants. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 102: 8369-8374. [DOI:10.1073/pnas.0503123102] [PMID] [PMCID]
19. Li, J., Bi, H., Li, Z. and Feng, J. (2008). Genetic analysis of Ziziphus Jujube Huizao using ISSR markers. 1th International Jujube Symposium, Baoding, China. [DOI:10.17660/ActaHortic.2009.840.15]
20. Maheswaran, M. (2004). Molecular markers: history, features and applications. Advanced Biotechnology, 51: 373-8
21. Miller, S.E. (2007). DNA barcoding and the renaissance of taxonomy. Proceedings of the National Academy of Sciences, 104: 4775-4776. [DOI:10.1073/pnas.0700466104] [PMID] [PMCID]
22. Min, X.J. and Hickey, D.A. (2007). Assessing the effect of varying sequence length on DNA barcoding of fungi. Molecular Ecology Notes, 7: 365-373. [DOI:10.1111/j.1471-8286.2007.01698.x] [PMID] [PMCID]
23. Nei, M. and Gojobori, T. (1986). Simple methods for estimating the numbers of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions. Molecular Biology and Evolution, 3(5): 418-426.
24. Oboh, I. and Aluyor, E. (2009). Luffa cylindrical-an emerging cash crop. African Journal of Agricultural Research, 4: 684-688.
25. Okusanya, O.T., Ola-Adams, B.A. and Bamidele, J.F. (198)1. Variations in size, leaf morphology, and fruit characters among 25 populations of Luffa aegyptiaca. Canadian Journal of Botany, 59(12): 2618-2627. [DOI:10.1139/b81-314]
26. Ota, T. and Nei, M. (1994). Estimation of the number of amino acid substitutions per site when the substitution rate varies among sites. Journal of Molecular Evolution, 38: 642-643. [DOI:10.1007/BF00175885]
27. Pang, X., Luo, H. and Sun, C. (2012). Assessing the potential of candidate DNA barcodes for identifying non-flowering seed plants. Plant Biology, 14: 839-844. [DOI:10.1111/j.1438-8677.2011.00554.x] [PMID]
28. Ross, H.A., Murugan, S. and Li, W.L.S. (2008). Testing the reliability of genetic methods of species identification via simulation. Systematic Biology, 57: 216-230. [DOI:10.1080/10635150802032990] [PMID]
29. Sang, T, Crawford, D.J. and Stuessy, T.F. (1997). Chloroplast DNA phylogeny, reticulate evolution, and biogeography of Paeonia (Paeoniaceae). American Journal of Botany, 84: 1120-1136. [DOI:10.2307/2446155] [PMID]
30. Schindel, D.E. and Miller, S.E. (2005). DNA barcoding a useful tool for taxonomists. Nature, 435: 17. [DOI:10.1038/435017b] [PMID]
31. Seifert, K.A., Samson, R.A., Dewaard, J.R., Houbraken, J., Lévesque, C.A., Moncalvo, J.M., Louis-Seize, G. and Hebert, P.D. (2007). Prospects for fungus identification using CO1 DNA barcodes, with Penicillium as a test case. Proceedings of the National Academy of Sciences, 104(10): 3901-3906. [DOI:10.1073/pnas.0611691104] [PMID] [PMCID]
32. Shah, J.J., Thanki, Y.J. and Kothari, I.L. (1980). Skeletal fibrous net in fruits of Luffa cylindrica M. Roem, and Luffa acutangula Roxb. In: Nagaraj, M. and Malik, C.P., Eds., Current Trends in Botanical Research, p. 61-72. Kalyani Publishers, New Delhi, IN.
33. Shirzaie, A., Solouki, M. and Fahmideh L. (2021). Molecular analysis of some mango genotypes in southern Iran based on trnhH-psbA intergenic region. Iranian Journal of Horticultural Science and Technology, 22(4): 449-464 (In Persian).
34. Talebi, R., Fayaz, R., Mardi, M., Pirsyedi, S.M. and Naji, A.M. (2008). Genetic relationships among chickpea (Cicer arietinum) elite lines based on RAPD and agronomic markers. International Journal of Agriculture and Biology, 8: 301-305.
35. Tamura, K. and Nei, M. (1993). Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Molecular Biology and Evolution, 10: 512-526.
36. Woese, C.R. (1987). Bacterial evolution. Microbiological Reviews, 51: 221-271. [DOI:10.1128/jb.169.12.5546-5555.1987] [PMID] [PMCID]
ارسال پیام به نویسنده مسئول



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Arbabi H, Keykhasaber M, Fahmideh L, Ghasemi Omran V. Phylogenetic Analysis of Some Luffa Genotypes Based on the sequence of intergenic region of trnH-psbA. pgr 2023; 9 (2) :83-94
URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-256-fa.html

اربابی حلیمه، کیخاصابر مجتبی، فهمیده لیلا، قاسمی عمران ولی الله. تحلیل و بررسی فیلوژنتیکی برخی ژنوتیپ‌های گیاه لوفا (Luffa cylindrica) بر اساس توالی ناحیه بین‌ژنی trnH-psbA. پژوهش های ژنتیک گیاهی. 1401; 9 (2) :83-94

URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-256-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 9، شماره 2 - ( 1401 ) برگشت به فهرست نسخه ها
پژوهش های ژنتیک گیاهی Plant Genetic Researches
Persian site map - English site map - Created in 0.06 seconds with 40 queries by YEKTAWEB 4657