ابونه آلمانی، Matricaria recutita L گیاهی دارویی از خانواده Asteraceae است که به‌عنوان ستاره در بین گونه‌های دارویی شناخته شده و قدمت استفاده از آن به زمان فراعنه مصر می‌رسد. در این مطالعه، چهار جمعیت از گونه M. recutita موجود در بانک ژن منابع طبیعی ایران که از نقاط مختلف ایران جمع‌آوری شده بودند جهت تعیین خصوصیات کروموزومی و کاریوتیپی، مورد مطالعه قرار گرفتند. برای تهیه اسلایدهای میکروسکوپی از روش اسکواش همراه با رنگ‌آمیزی با هماتوکسیلین استفاده شد. مشاهدات میکروسکوپی، تعداد کروموزوم‌های سوماتیکی را 18 =2n برای تمام جمعیت‌ها نشان داد. صفات طول کروموزومی (LA، SA و TL) و تقارن کاریوتیپی (AR، CI، TF%، DRL، SC و SA%)، همچنین شاخص‌های درون و بین کروموزومی (A1 و A2)، محاسبه شدند. تجزیه‌وتحلیل کاریوتیپی، غالبیت کروموزوم‌های متاسانتریک را در تمام جمعیت‌ها نشان داد. بر اساس میانگین صفات اندازه‌گیری شده، بلندترین کروموزوم و ژنوم به جمعیت 15123 (اراک) اختصاص یافت. بر اساس طبقه‌‌بندی استبینز، جمعیت‌ها در دو گروه طبقه‌بندی شدند. بر اساس شاخص‌های تقارن کاریوتیپ، جمعیت 15123 (اراک) و جمعیت 8959 (بروجن)، به‌ترتیب دارای کاریوتیپ نامتقارن و متقارن نسبت به بقیه جمعیت‌ها بودند. همچنین نتایج تجزیه به مؤلفه‌های اصلی نشان داد که کل تنوع حاکم بر جمعیت‌های مورد بررسی توسط سه مؤلفه اصلی اول توجیه می‌گردد و بیشترین تنوع حاکم بر جمعیت‌ها ناشی از صفات طول کروموزومی بود. در گروه‌بندی جمعیت‌ها به روش Ward جمعیت‌ها را در سه گروه متمایز قرار داد. به‌طورکلی، وجود تنوع بالای ژنتیکی و سیتوژنتیکی، نشان‌دهنده وجود پتانسیل بالا در اصلاح جنس بابونه و فعالیت‌های به‌نژادی است. داده‌های به‌دست آمده از این تحقیق، در برنامه‌های آتی اصلاح جنس بابونه Matricaria L کاربرد دارد.