پژوهش‌های ژنتیک گیاهی

تحلیل و بررسی فیلوژنتیکی برخی ژنوتیپ‌های گیاه لوفا (Luffa cylindrica) بر اساس توالی ناحیه بین‌ژنی trnH-psbA

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

حلیمه اربابی 1
مجتبی کیخاصابر 2
لیلا فهمیده 3
ولی الله قاسمی عمران 4

1 گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل

2 گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل

3 گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان

4 پژوهشکده ژنتیک و بیوتکنولوژی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری

چکیده
لوفا با نام علمی Luffa cylindrica گیاهی از خانواده کدوییان است که بیشتر در مناطق گرمسیری و نیمه‌گرمسیری جهان از جمله در اکثر مناطق ایران رشد می­کند. در ‌این تحقیق تنوع ژنتیکی 9 ژنوتیپ بومی و غیر­بومیL. cylindrica  از طریق ارزیابی ناحیه بین‌ژنی trnH-psbA (IGS) کلروپلاستی مورد بررسی قرار گرفت. پس از نمونه‌برداری از برگ‌های جوان، استخراج DNA به‌روش دلاپورتا و PCR با استفاده از آغازگرهای ناحیه بین‌ژنیIGS  انجام شد. محصولات تکثیر شده پس از تعیین توالی، با استفاده از نرم‌افزار Chromas تعیین کیفیت شده و سپس با برنامه ClustalW توسط نرم‌افزارهای BioEdit وMEGA7 هم‌ردیف‌سازی شدند. در ادامه نمودار درختی روابط فیلوژنی و ماتریس تفاوت و تشابه توالی­ها تعیین و ترسیم شدند. در تحقیق حاضر با بررسی قرابت‌ها با استفاده از نشانگر trnH-psbA (IGS) در میان نمونه‌های مورد مطالعه، تنوع شدید درون‌گونه‌ای در L. cylindrica بومی و ‌غیربومی مشاهده شد. ماتریس فاصله ژنتیکی بین نمونه‌های بررسی شده در ‌این تحقیق از صفر تا 865/6 با میانگین کلی فاصله 53/2 بود. مقدار متوسط جایگزینی‌های مترادف و غیرمترادف (dN/dS) برای توالی IGS 68/0ds/dn = بود که نشان‌ دهنده گزینش‌های مثبت و خالص در روند انتخاب طبیعی ژنوتیپ‌های مورد مطالعه می‌باشد. تاکنون هیچ مطالعه‌ای در خصوص بررسی مولکولی و شناسایی ژنوتیپ‌های بومی مختلف گیاه لوفا در ایران و مطالعات فیلوژنتیکی این ژنوتیپ‌ها صورت نگرفته است. در این تحقیق از نشانگر trnH-psbA (IGS) استفاده شد تا تنوع موجود در برخی از ژنوتیپ‌های لوفای بومی و غیربومی بررسی و فاصله ژنتیکی آن‌ها تعیین شود. نتایج ‌این تحقیق نشان داد که بر اساس درخت فیلوژنی و بررسی فواصل ژنتیکی با کمک نشانگر trnH-psbA تنوع درون‌گونه‌ای ‌این گونه گیاهی به‌خوبی قابل ارزیابی می‌باشد.

کلیدواژه‌ها

تنوع ژنتیکی درون‌گونه‌ای
نشانگر کلروپلاستی
DNA بارکدینگ
پژوهش‌های ژنتیک گیاهی
دوره 9، شماره 2
دی 1401
صفحه 83-94

صفحه اصلی

راهنمای نویسندگان

ارسال مقاله

داوران

تماس با ما