در تحقیق حاضر، به‌منظور ارزیابی شاخص­های تحمل به خشکی در ارقام کلزا و ارتباط آن‌ها با نشانگر­های ISSR، 12 ژنوتیپ با استفاده از آزمایش فاکتوریل بر پایه طرح بلوک‌های کامل تصادفی در 3 سطح آبیاری (شاهد و آبیاری بعد از تخلیه 60 و 85 درصد رطوبت) در گلخانه­ی دانشگاه محقق اردبیلی مورد بررسی قرار گرفتند. ارزیابی ژنوتیپ­ها از نظر تحمل به خشکی توسط شاخص­های کمی شامل میانگین حسابی (MP)، میانگین هندسی (GMP)، حساسیت به تنش (SSI)، تحمل به تنش (STI) و شاخص تحمل (TOL) صورت گرفت. تجزیه واریانس در هر پنج شاخص محاسبه شده مورد بررسی بر اساس طرح کاملاً تصادفی در دو سطح تنش، بین ارقام اختلاف معنی­دار مشاهده شد. با توجه به نتایج مقایسه میانگین در هر دو سطح تنش، رقم SLMO46 با داشتن بیشترین مقدار شاخص­های MP و STI و میزان پایین TOL به‌عنوان مقاوم­ترین و رقم کارون با داشتن بیشترین مقدار شاخص SSI، حساس­ترین رقم شناخته شد. با توجه به نتایج به‌دست ‌آمده از تجزیه به عامل­ها نیز در سطح اول ژنوتیپ ساری­گل 32 و تا حدودی ژنوتیپ کارون و در سطح دوم رقم طلایه و تا حدودی رقم ساری­گل 32 به‌عنوان ژنوتیپ­های حساس و در هر دو سطح ژنوتیپ SLMO46 مقاوم به تنش شناخته شدند. همبستگی فنوتیپی عملکرد دانه در شرایط تنش و بدون تنش خشکی در دو سطح با 5 شاخص بررسی گردید. در شرایط تنش اول عملکرد دانه با شاخص‌های بهره­وری متوسط، میانگین هندسی بهره­وری و شاخص تحمل تنش همبستگی مثبت و معنی­دار نشان داد. در شرایط تنش دوم نیز شرایط مانند تنش اول بود با این تفاوت که همبستگی معنی­داری بین شاخص­های تحمل و تحمل خشکی به دست نیامد. تجزیه همبستگی کانونیک در رابطه با شاخص­های خشکی و نشانگرهای مولکولی در پنج نشانگر (5، 9، 11، 14 و 19) که دارای بیشترین درصد چندشکلی بودند با استفاده از ضرایب تابع اول انجام شد. از تکنیک ISSR-PCR برای شناسایی برخی از نشانگرهای مولکولی مرتبط با شاخص­های تحمل خشکی استفاده شد. در مجموع از 18 آغازگر ISSR استفاده گردید که 106 نوار واضح و قابل امتیازدهی تولید کردند و از این میان 60 نوار (168/53 درصد) چندشکل بودند. در نهایت با توجه به نتایج به‌دست آمده، از نشانگر­های مذکور می­توان در برنامه‌های پرورش کلزا در جهت تحمل خشک‌سالی استفاده کرد.