[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات نشریه::
آرشیو مجله و مقالات::
برای نویسندگان::
برای داوران::
ثبت نام و اشتراک::
تماس با ما::
تسهیلات پایگاه::
بایگانی مقالات زیر چاپ::
فهرست داوران همکار::
::
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
ISSN
شاپای آنلاین: ISSN 2676-7309
شاپای چاپی: ISSN 2383-1367
..




 
..
:: دوره 10، شماره 2 - ( 1402 ) ::
جلد 10 شماره 2 صفحات 78-63 برگشت به فهرست نسخه ها
شناسایی و بررسی خانواده ژنی WRKY در گیاه کاملینا (Camelina sativa) و شناسایی مهم‌ترین اعضای ژنی درگیر در تنش خشکی
سیده مریم سید‌حسن‌پور ، لیلا نژاد صادقی* ، زهرا‌ سادات شبر ، دانیال کهریزی
گروه تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز ، l.nejadsadeghi@scu.ac.ir
چکیده:   (703 مشاهده)
کاملینا با نام علمی Camelina sativa گیاهی یک‌ساله، خودگشن، آلوهگزاپلوئید با توارث دیپلوئیدی و متعلق به خانواده‌ی براسیکاسه می‌باشد که شباهت زیادی به گیاه مدل Arabidopsis thaliana دارد. عوامل رونویسی WRKY یکی از مهم‌ترین خانواده‌ها‌ی ژنی در گیاهان هستند که نقش مهمی در تنظیم رشد و نمو و پاسخ به تنش‌های مختلف ایفا می‌کنند. در این پژوهش با استفاده از ابزارها و پایگاه‌های داده، اعضای خانواده ژنی WRKY در گیاه کاملینا شناسایی و ویژگی‌های مختلف آن‌ها مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این بررسی تعداد 214 عضو از خانواده ژنی WRKY را در ژنوم گیاه کاملینا مشخص کرد. تمامی ژن‌های شناسایی شده دارای دمین عملکردی محافظت شده WRKY و موتیف‌های مختلفی در ساختار خود بودند. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی اعضای شناسایی شده خانواده ژنی WRKY گیاه کاملینا را به چهار گروه اصلی تقسیم‌بندی کرد. بررسی موقعیت کروموزومی نشان داد که 214 عضو خانواده ژنی WRKY شناسایی شده به‌طور نامساوی روی کروموزوم‌های این گیاه توزیع شده‌اند. به‌منظور اعتبارسنجی پژوهش، بیان دو ژن Csa11g065620 و Csa07g035970 که ارتولوگ‌های دو ژن WRKY8 و WRKY57 درگیر در تنش خشکی بودند، در دو لاین دابل‌هاپلوئید متحمل (DH 91) و حساس (DH 101) به تنش خشکی در شرایط تنش خشکی بررسی شد. نتایج بررسی بیان ژن‌ها نشان داد که دو ژن مذکور در شرایط تنش خشکی در لاین متحمل (DH 91) بیان بالایی نسبت به شرایط نرمال داشتند، ولی در لاین حساس (DH 101) تفاوت بیان معنی‌داری بین ژن‌ها مشاهده نشد. نتایج این پژوهش اطلاعات مناسبی را برای مطالعه تکاملی و عملکرد خانواده ژنی WRKY در کاملینا فراهم آورده است و می‌تواند گامی مفید در پیشبرد مطالعات بیشتر در مورد نقش خانواده ژنی WRKY در گیاه کاملینا باشد.
واژه‌های کلیدی: تنش‌های محیطی، خانواده ژنی، دمین حفاظت‌شده، عوامل رونویسی WRKY، فیلوژنتیکی
متن کامل [PDF 1932 kb]   (216 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: ژنتیک مولکولی
پذیرش: 1402/7/19
فهرست منابع
1. Bailey, T.L., Johnson, J., Grant, C.E. and Noble, W.S. (2015). The MEME suite. Nucleic Acids Research, 43(1): 39-49.‏ [DOI:10.1093/nar/gkv416]
2. Berti, M., Samarappuli, D., Johnson, B.L. and Gesch, R.W. (2017). Integrating winter camelina into maize and soybean cropping systems. Industrial Crops and Products, 107: 595-601.‏ [DOI:10.1016/j.indcrop.2017.06.014]
3. Blackshaw, R., Johnson, E., Gan, Y., May, W., McAndrew, D., Barthet, V., McDonald, T. and Wispinski, D. (2011). Alternative oilseed crops for biodiesel feedstock on the Canadian prairies. Canadian Journal of Plant Science, 91: 889-896. [DOI:10.4141/cjps2011-002]
4. Christou, A., Georgiadou, E.C., Filippou, P., Manganaris, G.A. and Fotopoulos, V. (2014). Establishment of a rapid, inexpensive protocol for extraction of high quality RNA from small amounts of strawberry plant tissues and other recalcitrant fruit crops. Gene, 537: 169-173. [DOI:10.1016/j.gene.2013.11.066]
5. Eulgem, T., Rushton, P.J., Robatzek, S. and Somssich, I.E. (2000). The WRKY superfamily of plant transcription factors. Trends in Plant Science, 5: 199-206. [DOI:10.1016/S1360-1385(00)01600-9]
6. Gehringer, A., Friedt, W., Lühs, W. and Snowdon, R. (2006). Genetic mapping of agronomic traits in false flax (Camelina sativa subsp. sativa). Genome, 49: 1555-1563. [DOI:10.1139/g06-117]
7. Giacomelli, J.I., Ribichich, K.F., Dezar, C.A. and Chan, R.L. (2010). Expression analyses indicate the involvement of sunflower WRKY transcription factors in stress responses, and phylogenetic reconstructions reveal the existence of a novel clade in the Asteraceae. Plant Science, 178: 398-410. [DOI:10.1016/j.plantsci.2010.02.008]
8. Gonzalez, D.H. (2015) Plant transcription Factors: Evolutionary, Structural and Functional Aspects. Academic Press, Cambridge, Massachusetts, USA.
9. Goyal, P., Devi, R., Verma, B., Hussain, S., Arora, P., Tabassum, R. and Gupta, S. (2023). WRKY transcription factors: Evolution, regulation, and functional diversity in plants. Protoplasma, 260: 331-348. [DOI:10.1007/s00709-022-01794-7]
10. Guo, X., Ullah, A., Siuta, D., Kukfisz, B. and Iqbal, S. (2022). Role of WRKY transcription factors in regulation of abiotic stress responses in cotton. Life, 12: 1410. [DOI:10.3390/life12091410]
11. Hosseini, S.Z., Ismaili, A. and Sohrabi, S.S. (2019). Evaluation of Drought Tolerance in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Under Water Deficit Stress Conditions. Plant Genetic Researches, 5: 55-72 (In Persian). [DOI:10.29252/pgr.5.2.55]
12. Hu, Y., Chen, L., Wang, H., Zhang, L., Wang, F. and Yu, D. (2013). A rabidopsis transcription factor WRKY 8 functions antagonistically with its interacting partner VQ 9 to modulate salinity stress tolerance. The Plant Journal, 74: 730-745. [DOI:10.1111/tpj.12159]
13. Ishiguro, S. and Nakamura, K. (1994). Characterization of a cDNA encoding a novel DNA-binding protein, SPF1, that recognizes SP8 sequences in the 5′ upstream regions of genes coding for sporamin and β-amylase from sweet potato. Molecular and General Genetics MGG, 244: 563-571. [DOI:10.1007/BF00282746]
14. Jiang, J., Ma, S., Ye, N., Jiang, M., Cao, J. and Zhang, J. (2017). WRKY transcription factors in plant responses to stresses. Journal of Integrative Plant Biology, 59: 86-101. [DOI:10.1111/jipb.12513]
15. Jiang, Y., Duan, Y., Yin, J., Ye, S., Zhu, J., Zhang, F., Lu, W., Fan, D. and Luo, K. (2014). Genome-wide identification and characterization of the Populus WRKY transcription factor family and analysis of their expression in response to biotic and abiotic stresses. Journal of Experimental Botany, 65: 6629-6644. [DOI:10.1093/jxb/eru381]
16. Jiang, Y., Liang, G. and Yu, D. (2012). Activated expression of WRKY57 confers drought tolerance in Arabidopsis. Molecular Plant, 5: 1375-1388. [DOI:10.1093/mp/sss080]
17. Jiang, Y., Qiu, Y., Hu, Y. and Yu, D. (2016). Heterologous expression of AtWRKY57 confers drought tolerance in Oryza sativa. Frontiers in Plant Science, 7: 145. [DOI:10.3389/fpls.2016.00145]
18. Jin, J., Tian, F., Yang, D.C., Meng, Y.Q., Kong, L., Luo, J. and Gao, G. (2016). PlantTFDB 4.0: toward a central hub for transcription factors and regulatory interactions in plants. Nucleic Acids Research, 45(D1): 1040-1045. [DOI:10.1093/nar/gkw982]
19. Khoso, M.A., Hussain, A., Ritonga, F.N., Ali, Q., Channa, M.M., Alshegaihi, R.M., Meng, Q., Ali, M., Zaman, W. and Brohi, R.D. (2022). WRKY transcription factors (TFs): Molecular switches to regulate drought, temperature, and salinity stresses in plants. Frontiers in Plant Science, 13: 1039329. [DOI:10.3389/fpls.2022.1039329]
20. Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C. and Tamura, K. (2018). MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution, 35: 1547. [DOI:10.1093/molbev/msy096]
21. Lamesch, P., Berardini, T.Z., Li, D., Swarbreck, D., Wilks, C., Sasidharan, R., Muller, R., Dreher, K., Alexander, D. L. and Garcia-Hernandez, M. (2012). The Arabidopsis information resource (TAIR): improved gene annotation and new tools. Nucleic Acids Research, 40(1), 1202-1210. [DOI:10.1093/nar/gkr1090]
22. Larsson, M. (2013). Cultivation and processing of Linum usitatissimum and Camelina sativa in southern Scandinavia during the Roman Iron Age. Vegetation History and Archaeobotany, 22: 509-520. [DOI:10.1007/s00334-013-0413-3]
23. Li, W., Pang, S., Lu, Z. and Jin, B. (2020). Function and mechanism of WRKY transcription factors in abiotic stress responses of plants. Plants, 9: 1515. [DOI:10.3390/plants9111515]
24. Li, X. and Mupondwa, E. (2014). Life cycle assessment of camelina oil derived biodiesel and jet fuel in the Canadian Prairies. Science of the Total Environment, 481: 17-26. [DOI:10.1016/j.scitotenv.2014.02.003]
25. Ling, J., Jiang, W., Zhang, Y., Yu, H., Mao, Z., Gu, X., Huang, S. and Xie, B. (2011). Genome-wide analysis of WRKY gene family in Cucumis sativus. BMC Genomics, 12: 1-20. [DOI:10.1186/1471-2164-12-471]
26. Livak, K.J. and Schmittgen, T.D. (2001). Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2−ΔΔCT method. Methods, 25: 402-408. [DOI:10.1006/meth.2001.1262]
27. Lu, C. and Kang, J. (2008). Generation of transgenic plants of a potential oilseed crop Camelina sativa by Agrobacterium-mediated transformation. Plant Cell Reports, 27: 273-278. [DOI:10.1007/s00299-007-0454-0]
28. Mao, P., Jin, X., Bao, Q., Mei, C., Zhou, Q., Min, X. and Liu, Z. (2020). WRKY transcription factors in Medicago sativa L.: Genome-wide identification and expression analysis under abiotic stress. DNA and Cell Biology, 39: 2212-2225. [DOI:10.1089/dna.2020.5726]
29. Marchler-Bauer, A., Derbyshire, M.K., Gonzales, N.R., Lu, S., Chitsaz, F., Geer, L.Y., Geer, R.C., He, J., Gwadz, M. and Hurwitz, D.I. (2014). DD: NCBI's conserved domain database. Nucleic Acids Research, 43: D222-D226. [DOI:10.1093/nar/gku1221]
30. Meng, D., Li, Y., Bai, Y., Li, M. and Cheng, L. (2016). Genome-wide identification and characterization of WRKY transcriptional factor family in apple and analysis of their responses to waterlogging and drought stress. Plant Physiology and Biochemistry, 103: 71-83. [DOI:10.1016/j.plaphy.2016.02.006]
31. Merah, O., Langlade, N., Alignan, M., Roche, J., Pouilly, N., Lippi, Y., Vear, F., Cerny, M., Bouniols, A. and Mouloungui, Z. (2012). Genetic analysis of phytosterol content in sunflower seeds. Theoretical and Applied Genetics, 125: 1589-1601. [DOI:10.1007/s00122-012-1937-0]
32. Mondor, M. and Hernández‐Álvarez, A.J. (2022). Camelina sativa composition, attributes, and applications: A review. European Journal of Lipid Science and Technology, 124: 21-35. [DOI:10.1002/ejlt.202100035]
33. Pessarakli, M. (2019) Handbook of Plant And Crop Stress. CRC Press, Boca Raton, Florida, USA. [DOI:10.1201/9781351104609]
34. Priest, H.D., Filichkin, S.A. and Mockler, T.C. (2009). Cis-regulatory elements in plant cell signaling. Current opinion in Plant Biology, 12: 643-649. [DOI:10.1016/j.pbi.2009.07.016]
35. Raeesi Sadati, S.Y., Jahanbakhsh Godehkahriz, S., Ebadi, A. and Sedghi, M. (2021). Study of Expression Pattern of Some Transcription Factors in Wheat under Drought Stress and Zinc Nanoparticles. Plant Genetic Researches, 7: 135-144 (In Persian). Ruiz‐Lopez, N., Haslam, R.P., Napier, J. A. and Sayanova, O. (2014). Successful high‐level accumulation of fish oil omega‐3 long‐chain polyunsaturated fatty acids in a transgenic oilseed crop. The Plant Journal, 77(2): 198-208.‏ https://doi.org/10.1111/tpj.12378 [DOI:10.52547/pgr.7.2.11]
36. Rushton, P.J., Somssich, I.E., Ringler, P. and Shen, Q.J. (2010). WRKY transcription factors. Trends in Plant Science, 15: 247-258. [DOI:10.1016/j.tplants.2010.02.006]
37. Snell, K.D. and Peoples, O.P. (2013). Production of value-added co-products in industrial oilseeds. Inform, 24(10): 640-643.‏
38. Song, Y., Cui, H., Shi, Y., Xue, J., Ji, C., Zhang, C., Yuan, L. and Li, R. (2020). Genome-wide identification and functional characterization of the Camelina sativa WRKY gene family in response to abiotic stress. BMC Genomics, 21: 1-17. [DOI:10.1186/s12864-020-07189-3]
39. Vafaei, N., Tavakolipour, H. and Ghodsvali, A. (2010). Some biophysical properties of oily sunflower achenes in Golestan province. Journal of food science and technology (Iran), 7(25): 103-115 (In Persian).
40. Villao-Uzho, L., Chávez-Navarrete, T., Pacheco-Coello, R., Sánchez-Timm, E. and Santos-Ordóñez, E. (2023). Plant promoters: their identification, characterization, and role in gene regulation. Genes, 14: 1226. [DOI:10.3390/genes14061226]
41. Vives-Peris, V., Marmaneu, D., Gómez-Cadenas, A. and Pérez-Clemente, R. (2018). Characterization of Citrus WRKY transcription factors and their responses to phytohormones and abiotic stresses. Biologia Plantarum, 62: 33-44. [DOI:10.1007/s10535-017-0737-4]
42. Voorrips, R. (2002). MapChart: software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs. Journal of Heredity, 93: 77-78. [DOI:10.1093/jhered/93.1.77]
43. Wani, S.H., Anand, S., Singh, B., Bohra, A. and Joshi, R. (2021). WRKY transcription factors and plant defense responses: Latest discoveries and future prospects. Plant Cell Reports, 40: 1071-1085. [DOI:10.1007/s00299-021-02691-8]
44. Wei, K.F., Chen, J., Chen, Y.F., Wu, L.J. and Xie, D.X. (2012).Molecular phylogenetic and expression analysis of the complete WRKY transcription factor family in maize. DNA Research, 19: 153-164. [DOI:10.1093/dnares/dsr048]
45. Yang, X., Lu, M., Wang, Y., Wang, Y., Liu, Z. and Chen, S. (2021). Response mechanism of plants to drought stress. Horticulturae, 7: 50. [DOI:10.3390/horticulturae7030050]
46. Yazdani, B., Asghari-Zakaria, R. and Shobbar, Z.S. (2015). Identification and classification of the WRKY transcription factors family in barley. Genetic Engineering and Biosafety Journal, 4: 41-54.
47. Zanetti, F., Alberghini, B., Marjanović Jeromela, A., Grahovac, N., Rajković, D., Kiprovski, B. and Monti, A. (2021). Camelina, an ancient oilseed crop actively contributing to the rural renaissance in Europe. A review. Agronomy for Sustainable Development, 41: 1-18. [DOI:10.1007/s13593-020-00663-y]
48. Zubr, J. (2003). Qualitative variation of Camelina sativa seed from different locations. Industrial Crops and Products, 17: 161-169. [DOI:10.1016/S0926-6690(02)00091-2]
ارسال پیام به نویسنده مسئول



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Seyed Hassan Pour S M S, Nejadsadeghi L, Shobbar Z S, Kahrizi D. Identification and Investigation of WRKY Gene Family in Camelina Plant (Camelina sativa) and Identification of the Most Important Gene Members Involved in Drought Stress. pgr 2024; 10 (2) :63-78
URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-291-fa.html

سید‌حسن‌پور سیده مریم، نژاد صادقی لیلا، شبر زهرا‌ سادات، کهریزی دانیال. شناسایی و بررسی خانواده ژنی WRKY در گیاه کاملینا (Camelina sativa) و شناسایی مهم‌ترین اعضای ژنی درگیر در تنش خشکی. پژوهش های ژنتیک گیاهی. 1402; 10 (2) :63-78

URL: http://pgr.lu.ac.ir/article-1-291-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 10، شماره 2 - ( 1402 ) برگشت به فهرست نسخه ها
پژوهش های ژنتیک گیاهی Plant Genetic Researches
Persian site map - English site map - Created in 0.08 seconds with 40 queries by YEKTAWEB 4657